烏魯木齊、昌吉和兵團十二師在自治區(qū)黨委、自治區(qū)人民政府的決策部署下，于2012年6月成立了頭屯河沿岸綜合整治領導小組，建立了兩岸三地及自治區(qū)相關廳局共同參與的協調機制，力爭3至4年內完成綜合整治工作。頭屯河沿岸綜合整治是自治區(qū)黨委、自治區(qū)人民政府實現環(huán)保優(yōu)先、生態(tài)立區(qū)的一項重點工程，對加強區(qū)域生態(tài)環(huán)境保護和建設，提高新型城鎮(zhèn)化水平，推動區(qū)域經濟社會可持續(xù)發(fā)展意義重大。

由自治區(qū)環(huán)保廳負責組織、新疆環(huán)科院承擔編制的《頭屯河流域生態(tài)恢復與環(huán)境整治規(guī)劃》，旨在全流域開展生態(tài)恢復和環(huán)境整治，從全流域、從生態(tài)修復到污染控制全過程對頭屯河流域進行系統(tǒng)的綜合整治，是實現流域生態(tài)環(huán)境質量好轉的重要手段，也是頭屯河沿岸綜合整治的重要組成部分。

《規(guī)劃》以“環(huán)保優(yōu)先、生態(tài)立區(qū)”為宗旨，以生態(tài)文明建設為指導，堅持“資源開發(fā)可持續(xù)、生態(tài)環(huán)境可持續(xù)”，按照實現區(qū)域統(tǒng)籌和可持續(xù)發(fā)展的新理念、新措施、新要求，從生態(tài)修復到污染控制全過程對頭屯河流域進行系統(tǒng)的綜合整治，把頭屯河沿岸打造成為群眾受益的重大民生工程。

《規(guī)劃》強調分段治理，分區(qū)保護。根據自然環(huán)境特征、人類開發(fā)利用的影響方式以及存在的環(huán)境問題的不同等，把流域重點分為工業(yè)集中區(qū)污染治理、資源開發(fā)區(qū)生態(tài)恢復、城區(qū)河岸帶環(huán)境治理、農村環(huán)境綜合整治、水土流失防治等幾個重點治理區(qū)域，分析其存在的主要生態(tài)環(huán)境問題，明確治理目標，提出治理對策及治理工程；同時根據生態(tài)環(huán)境功能及社會經濟活動特征，把整個流域劃分為飲用水源保護區(qū)、水源涵養(yǎng)區(qū)、水土保持區(qū)、聚居發(fā)展維護區(qū)、農產品環(huán)境安全保障區(qū)、防風固沙區(qū)等生態(tài)與環(huán)境管理分區(qū)，確定分區(qū)保護目標及環(huán)境管理措施，對流域的生態(tài)環(huán)境問題既做到重點治理，又做到全流域覆蓋。